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化学系前身可追溯到创办于1897年的求是书院和育英书院。1928年发展成为浙江大学化学系。1952年全国高校院系调整，浙大化学系与之江大学化学系合并组建为浙江师范学院化学系，1958年发展为杭州大学化学系；1958年浙大恢复建立化学系。1998年新浙大成立后，浙大化学系与杭州大学化学系、浙江医科大学和浙江农业大学基础部化学教研室组建成新的化学系。
先后在化学系学习或任教的有25位中国科学院和中国工程院院士，包括：纪育沣、王葆仁、吴征铠、王序、卢嘉锡、汪猷、钱志道、徐光宪、钱人元、吴浩青、冯新德、杨福愉、沈家骢、陆熙炎、戴立信、谢学锦、林励吾、沈之荃、徐承恩、陈耀祖、曹楚南、方肇伦、黄宪、麻生明、徐如人。有麻生明、吴凯、郑强、曾苏、徐志康、陈红征、占肖卫、申有青、刘维屏、朱利中、张锁江、计剑、汪联辉、陈传峰、黄少铭等24名毕业生成为国家杰出青年基金获得者或长江特聘教授，陈邦林、戴胜、厉良、沈奔、谢作伟、戴伟民、俞陆平等20多人在著名境外学术机构任终身教职。
现有教职工174人，其中56名教授（包括2名中科院院士）、73名副教授（副研究员）。在校生现有269名本科生，249名硕士生，297名博士生，16名在站博士后。
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星花木兰（学名：Magnolia stellata），又名日本毛木兰，为木兰科木兰属的植物。分布于日本以及中国大陆的青岛、南京等地，目前已由人工引种栽培。星花兰木的原产地为日本，因为开花的时间开得比较早，所以被视为春天的开始。《二如亭群芳谱》中记载着「玉兰，花九瓣，色白，微碧，香味似兰，故名。丛生，一干一花皆著木末，绝无柔条。隆冬结蕾，三月盛开。」，星花木兰清香扑鼻，颜色鲜艳，是春季最具代表的观赏花之一，深受花迷的喜欢。
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1922年回国担任国立东南大学（1928年改名国立中央大学，1949年改名南京大学）生物系教授，1926年起担任清华大学生物系教授兼系主任，1927年任北京师范大学生物系教授，1928年任中央大学教授。1929年至1937年担任清华大学生物系教授兼系主任，1938年至1946年担任西南联合大学教授，1946年起复任清华大学生物系教授兼系主任，其间曾于1947年兼任联合国教育科学文化组织中国委员会第一届委员。1948年，当选为中央研究院第一届院士。
1949年中华人民共和国成立后，他续任于清华大学生物系。1952年清华大学生物系并入北京大学，他担任合并后的北京大学生物系教授，并兼任中国科学院动物标本工作委员会主任委员。1953年起担任中国科学院动物研究室主任，1955年获选为中国科学院院士（学部委员），1957年动物研究室改制为动物研究所，由他担任所长。同年11月病逝于北京。
他长期投入于金鱼遗传与变异、动物行为学、生物学史等研究工作，是中国较早的现代生物学者及教育家，也是中国动物遗传学的创始人。
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