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摩根马品种中已经发现了一种遗传疾病，就是1型Equine polysaccharide storage myopathy，一种常染色体显性肌肉疾病，主要存在于Stock horse和Draft horse品种中，它是由GYS1基因的错义突变引起的。有十几个品种被发现存在该病的等位基因，而摩根马就是其中之一。不过，与牧马和挽马品种相比，摩根马的发病率显得很低。在一项研究的随机测试中，只有不到百分之一的摩根马携带了该病的等位基因，这在该项研究中是百分比最低的品种之一。
摩根马中发现的两个毛色基因也与遗传疾病有关。一种是遗传性眼部综合症多发性先天性眼部异常（multiple congenital ocular anomalies，简称MCOA），最初称为马前节发育不全（ASD）。MCOA的特征是某些眼组织发育异常，这会导致视力下降，尽管通常程度较轻；该病是不会发展的。遗传学研究表明，它与Silver dapple gene密切相关。少数摩根马携带银斑等位基因，它会引起囊肿；如果是杂合子，就不会引起明显的视力问题，但如果是纯合子，则会引起视力问题。同时还存在Lethal white syndrome的可能性，这是一种致命疾病，出现在有边卵形白斑基因的纯合子马驹身上。目前，在摩根马品种中，有一个母马品系产出了健康的杂合子有边卵形白斑个体。美国摩根马协会（American Morgan Horse Association）提倡进行基因测试，以确定这些基因的携带者，并建议马主避免在杂合子有边卵形白斑的马之间配种。
所有的摩根马都能追溯到一个共同的祖先，这是一匹Stallion，名为Figure，于1789年出生在西斯普林菲尔德 (马萨诸塞州)。1792年，他被作为债务，偿还给了一个名叫贾斯汀·摩根的人。后来，该马被以该主人的名字称呼，而“贾斯汀·摩根马”也演变成为该品种的名字。Figure被认为站立高度约 hands，重约 kg。它以才能出众而闻名，它具有与众不同的外观、体型、性情和运动能力。人们并未摸清它确切的谱系图，尽管人们为此付出了巨大的努力。一位历史学家指出，它的父亲也许是一匹名为美丽港湾（Beautiful Bay）的纯种马，关于这个可能性的著作将能“写出41部侦探小说，并能申请‘说谎者俱乐部’（Liars' Club）的会员资格。”1821年，Figure被另一匹马踢到，之后伤重不治。他被安葬在Tunbridge, Vermont。
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* 2020年12月26日，上海地铁18号线南段御桥站—航头站通车。
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